月曜日

くっそー参った。去年やった実験と解析の3分の1が吹っ飛んだかも知れない。残り3分の2はかなりいい感じだし、そっちは凄くハッピーなんだけど、この実験に去年注ぎ込んだ労力と金額を考えると、ガックリきてしまう。力技で取り返すか、イチからやり直すか、実験そのものを諦めるかの３択。仲間たちは１番を主張するけど、１番は僕の主義的にいちばん採りたくない選択肢なんだよなー。まあ、僕が損切りしようとするときに誰かに共感してもらえたことなんてほとんどないけれど。

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それにしても1,000個体5,000マーカーという超高密度連鎖地図、本気で作ると言って取り組んでたんだから出来るのは分かってたんだけど、実際作ってみると本当に圧巻だわ。一番苦労したのはそんな規模のデータを扱えるマッピングツールがほとんど存在しないことだった。大規模データを扱える、とか謳ってるツールを調べてみても、Doubled haploidかRILにしか使えないとか、マーカーの数だけなら10万マーカーでも扱えるとか言いながら、個体数は数十くらいしか扱えないとか。

で、結局AntMap。AntMapもマーカー数が1,000を超えるとうまく動いてくれないので、最初にR/QTLで連鎖群を分けてから、連鎖群ごとにAntMapでマーカーの並びを決める。結果は軽くて速くて正確だった。後から全てのデータを自分の目で見直してみたけど、並べ間違いはほとんどなかった。むしろ、最初のR/QTLのGroupingが結構間違ってたわ。試しにマーカー数を減らしてAntMapでGroupingし直してみると正しくGroupingされた。。。めちゃくちゃ優秀だなコレ。

これでアズキゲノムの完成まで残りあと僅か。ここから先はパートナーに頑張ってもらうしかないわけだけど。。。明日全力でお願いしよう。